伯颜攻破临安城第二天，传来元世祖的诏书，要宋朝皇帝速往大都（今北京）朝见元朝皇帝。全太后哭着对恭帝说：“承蒙天子仁慈，留你一条性命，还不赶快拜谢！”当时年仅7岁的赵懵懂无知，在别人的搀扶下行了跪拜礼。随后便由全太后和很少几个侍从陪同启程前往大都。谢太皇太后因病暂缓。恭帝一行栖栖惶惶奔走，沿途在瓜州（今江苏扬州东南）、真州（今江苏仪征），不断有宋军前来劫持。但由于兵力不够，均未成功。恭帝一行走了一个多月到达大都。
恭帝到大都不久，南宋又立端宗赵昰，各地宋军又在继续抵抗，元朝要完全控制新征服的土地尚有很大难度。元世祖富有政治经验，他知道，恭帝仍有潜在的号召力，可以用他来制约端宗，也可以招降那些尚未归附的宋将，便封恭帝为开府仪同三司、检校大司行政、瀛国公。这当然只是做做表面文章，实际上仍软禁他们母子于深院中。随行的四位宫女不堪凌辱，到大都十天便自缢身亡。其中一位朱氏还留下了一首诗：“既不辱国，幸免辱身。世食宋禄，羞为北臣。妾辈之死，守于一贞。忠臣孝子，期以自新。”元世祖对全太后的屈辱偷生很看不起，便砍下那四人的头悬在她寓所以示羞辱。全太后因儿子年幼不忍弃世。后来她提出不服水土，请求迁到南方居住。元世祖察必皇后也非常同情，为之求情，但元世祖出于政治考虑而未允诺。至元十九年（1282年）年底，忽然命其迁往上都（今内蒙古正蓝旗东闪电河北岸）。
为什么要让恭帝迁往上都呢？原来福建有位僧人夜观星相，发现土星侵犯帝座，便告诉元世祖此事，说可能有人要加害皇帝，应该提防。不久，中山（今河北定县）有狂人，自称宋王，聚众千人，声言要进大都劫取丞相文天祥。京城有个叫薛保柱的上匿名信称有人要为文丞相起兵。虽然后来查明都是谣言，但元世祖却感到了不安。关了四年的文天祥仍不屈服，元世祖终于杀了他。他对恭帝当然更要大加戒备了。第二年又把降元的宋朝官员全部迁往内地。全太后奉命到大都正智寺削发为尼，以后悄然死在那里。
至元二十五年（1288年）冬天，元世祖赐19岁的恭帝许多钱财，送他去吐蕃（今西藏）学佛。恭帝到吐蕃，居住于萨迦大寺，改名为合尊法宝，学会了藏语，曾任总持。恭帝灵慧，又有好性情，他不仅在佛学理论上钻研颇深，而且成为出色的翻译大师，深奥的佛教逻辑著作《因明入正理论》即是他的译笔。这段经历只见藏文记载。元英宗至治三年（1323年），恭帝突然被诬以煽动天下人心，赐死于河西（今甘肃河西走廊）。原因是他写了一首诗：“寄语林和靖，梅花几度开？黄金台下客，应是不归来。”诗中所说黄金台是指战国时燕昭王在大都朝阳门附近筑的土台，燕昭王置千金于上，以招揽天下贤士。林和靖是北宋著名高士，结庐于钱塘孤山。
恭帝的经历极富传奇色彩，广为流传，文人墨客又再加想象，多有发挥。有人甚至说元代最后的皇帝元顺帝妥懽帖睦尔是他的儿子，这当然是离奇故事。这离奇故事寄托着国破家亡的宋朝人的哀思，也把他们的国魂托付给了未来。宋代最后的皇帝端宗赵昰、卫王赵昺都死了，这是人们都知道的事实。然而江山并不能因此而死去，宋朝人在心中总是隐隐地想，有一天恭帝还会回来，因为他只是在某个地方出家。
宋恭帝为大智者，如果他壮年掌政，很可能是个明君，超过南宋所有君主。可惜他生不逢时。当年元世祖不杀恭帝，自然有前述稳定国家的考虑。我猜测，和对待文天祥一样，元世祖一定喜欢上了这位英俊懂事又凄苦不堪的少年。